Los orígenes de la asociación se remontan a la segunda mitad de la década de los años ochenta, tras la asistencia de un grupo de valencianos a las conferencias organizadas en Valencia por el Instituto de Relaciones Culturales Valencia-Israel, de las que habían tenido constancia por un aviso publicado en prensa. El citado Instituto estaba presidido en aquel momento por doña Marina de Paz, suscriptora de la revista “El Olivo” del Centro de Estudios Judeo-Cristianos de Madrid.
Tras haber realizado un donativo para plantar tres árboles en Israel, dicho grupo emprendió un viaje a Madrid para conocer a sor Ionel Mihalovici, directora del Centro de Estudios Judeo-Cristianos, y recoger el correspondiente diploma de plantación de árboles. La entrega de dicho diploma tuvo lugar en el contexto de una conferencia pronunciada por don Ben Ami, Embajador de Israel. Tras la misma Sor Ionel invitó a este grupo de valencianos a viajar a Israel para plantar el árbol personalmente. El viaje a Tierra Santa que tuvo lugar en 1988.
Después del viaje, y a instancias de sor Ionel Mihalovici, se realizó un encuentro entre los cuatro o cinco suscriptores de la revista “El Olivo” que había en Valencia. Formaban parte de este grupo embrionario Francisco Fontana Tormo, médico neurocirujano, el padre José Miguel Sustaeta, canónigo de la Catedral de Valencia y profesor de Liturgia, doña María Teresa Soler y con doña Mari-Cruz Tomas.
Los primeros contactos de este grupo tuvieron lugar a finales de la década de los ochenta y alumbraron el primer ‘Seder Haggada Pesaj’, que tuvo lugar el 10 de abril de 1990 en el Convento de Reparadoras de la calle Gobernador Viejo de Valencia, y que fue propuesto y dirigido por don José Miguel Sustaeta. De las incipientes conferencias organizadas por la asociación destacan la impartida por el rabino Baruj Garzón (‘Jesucristo desde el punto de vista judío’) y por la propia sor Ionel Mihalovici (“Orígenes de la Amistad Judeo-Cristiana”).
Es de destacar la visita de don Francisco Fontana y don José Luis Andreu a la sede de la Comunidad Israelita de Valencia y la entrevista con D. Samuel Serfaty, Presidente de dicha Comunidad. Tras presentarse los primeros como cristianos deseosos de mantener buenas relaciones con el Pueblo Judío, don Samuel Serfaty les respondió que “la casa del Señor está abierta a todos los pueblos para rezar”.
Durante 1991 tuvo lugar una entrevista con D. Miguel Roca Cabanellas, Arzobispo de Valencia y suscriptor de la revista “El Olivo”, quien dio su placet verbal al nacimiento de la asociación y quien recomendó a este grupo de valencianos que se pusiera en contacto con D. Juan Bosch, OP, Delegado Diocesano de Ecumenismo. Este encuentro que fue gestionado por el padre Sustaeta. Don Juan Bosch les acogió en el Convento de Dominicos y les cedió un despacho que hiciera las funciones de sala de reuniones y biblioteca de la naciente asociación.
La aprobación de los Estatutos de la asociación tuvo lugar el 20 de enero de 1994, fiesta de Nuestra Señora de Sión, y fueron firmados por D. Agustín García-Gasco, Arzobispo de Valencia. La asamblea Fundacional tuvo lugar el 2 de Febrero del mismo año, a la sazón día de la Candelaria y fiesta de la Presentación en el Templo, y dio pie a la inscripción de los primeros socios y el inicio de los trámites para la inscripción de la asociación en el Registro de Asociaciones de la Generalitat Valenciana.
Amistad Judeo-Cristiana es un referente socio-cultural en el ámbito de las relaciones judeo-cristianas. En este sentido, en el mes de noviembre de 2007 el Dr. Francisco Fontana, presidente de la asociación, recibió en la Kneset (Parlamento de Israel) el diploma ‘Samuel Toledano’ concedido por su aportación al diálogo entre judíos y cristianos.
Esta asociación edita actualmente la revista Diálogo Judeo-Cristiano.